Kern der Therapie ist, dass der Betroffene lernt, im Bewusstsein die Alpträume so zu verändern, dass an die Stelle der negativen eine positive Färbung tritt. In diesem Prozess zwischen Patient und Therapeut "werden zunächst  die Stellen des Traums identifiziert, die Angst oder ein anderes belastendes Gefühl ezeugen. Diese Passagen sollen dann entfernt und durch neue, nicht mehr belastende Inhalte ersetzt werden. Zusätzlich werden jene Passagen identifiziert, die erhalten bleiben sollen, weil sie die Rahmenhandlung des Traums bilden und selbst nicht bedrohlich oder belastend sind. Grundsätzlich geht es also darum, möglichst den Alptraum so zu modifizieren, dass er der ursprünglichen Version, von belastenden Details bereinigt, maximal ähnelt. Dies ist wichtig, weil davon ausgegangen wird, dass der neue Traum den ursprünglichen Alptraum in einer Art  Angstgedächtnis überschreibt. Und diese Überschreibung gelingt umso leichter, je größer die assoziative Nähe zwischen ursprünglichem und neuem Traum ist." Das Finden neuer Traumanteile ist nach den Erfahrungen von Pietrowsky  "der kreativste Teil der Therapie und muss als stufenweiser, häufig iterativ verlaufender Prozess gesehen werden."
 
Zur Wirkweise vermutet Pietrowsky: "An die Knoten der Repräsentation des ursprünglichen Alptraums werden die neuen und nicht mehr bedrohlichen Inhalte assoziiert, so dass bei der Aktivierung des ursprünglichen Alptraumnetzwerks (analog eines Angstnetzwerks) die aktuellen harmloseren Assoziationen und nicht mehr die älteren, signalschwächeren bedrohlichen Assoziationen aktiviert werden. Für diese Annahme spricht auch die wiederholt berichtete Erfahrung, dass Patienten fast nie davon berichten, den neuen, modifizierten Traum zu träumen. Sie träumen entweder keinen Alptraum oder den ursprünglichen Alptraum. Dies ist dadurch zu erklären, dass der neue Traum von geringer emotionaler Valenz ist und deshalb - auch wenn er geträumt wird - wegen seiner emotionalen Neutralität kaum erinnert wird ..."

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